في 1954م عقد أول مؤتمر للحركة الإسلامية وفيه تم حسم الخلاف بين الطرفين بطريقة توافقية تقول باعتماد والتزام الحركة بإسم (الإخوان المسلمين) وبالمرجعية الفكرية لها، ولكن في المقابل تحفظ للحركة الإسلامية السودانية استقلاليتها التنظيمية عن الحركة (الأم). ومنذ ذلك الحين، قويت اتجاهات الحركة الاستقلالية وإزدادت نزعتها المحلية لها في مخاطبة واقعها بجانب ارتباطاتها الفكرية والسياسية العامة بتيارالإخوان المسلمين (الأم) خاصة والصحوة الإسلامية في العالم الإسلامي على وجه العموم.
بعد معالجة الحركة لقضاياها التنظيمية الداخلية أخذت تنظر لدورها في المجتمع وقضاياه المختلفة بصورة ايجابية أكثر. فكانت أولى محطاتها في المساهمة بدورها في الحياة العامة هو إدراكها لنفسها كحركة تغيير إسلامي ومحاولتها لإبراز إختلافها عن بقية التيارات السياسية والإجتماعية الأخرى الناشطة. فرفعت الحركة شعارين أساسيين هما: الدعوة لدستور إسلامي مرجعيته الشريعة الإسلامية، ومحاربة الشيوعية والتصدي لها في كل محفل أو موقع تنشط فيه.
في 1955م، كوّنت الحركة كيانا سياسيا عريضا يضم كل التيارات والأحزاب التي تتفق معها في الدعوة للدستور الإسلامي تحت مسمى (الجبهة الإسلامية للدستور). وكانت الجبهة بذلك تمثل كيانا واسعا لهدف محدود، وهو العمل من أجل الدفع بقضية الدستور الإسلامي في واجهة وأولويات العمل السياسي للأحزاب الوطنية. ولأول مرة أبرزت الحركة الإسلامية رؤاها من خلال النموذج الذي قدمته للدستور حول نظام الحكم، ورؤيتها الإقتصادية. فاحتوت رؤيتها لنظام الحكم، تأييد النظام البرلماني مع قدر من اللامركزية الإقليمية ولكن في إطار دولة موحدة. أما اقتصاديا، فقد أبرزت الحركة ميولها الاشتراكية في رؤيتها، مثل الدعوة لإجراء إصلاحات إسلامية في النظام المصرفي، وإلغاء الفوائد الربوية وتبني الصيغ الإسلامية في كل المعاملات المصرفية. في 1957م، ورغم رفض مقترح الدستور الذي تقدمت به الحركة من خلال (الجبهة الإسلامية للدستور)، من قبل اللجنة التي كونتها الحكومة لوضع الدستور، إلا أن مبادرة الحركة الإسلامية مثلّت خطوة متقدمة جدا تجاه فرض نفسها في الساحة السياسية.