في نوفمبر من العام 1958م، حدث انقلاب إبراهيم عبود ـــ القائد العام للجيش آنذاك ـــ ودخلت البلاد في أول تجربة لها للحكم العسكري. وبعد سيطرة الجيش على السلطة بقيادة الفريق إبراهيم عبود، قررت الحركة الإسلامية مقاومة النظام العسكري الجديد وانضمت إلى (الجبهة المتحدة) التي تمثل المعارضة الوطنية بقيادة السيد/ الصادق المهدي ـ زعيم حزب الأمة. واستطاعت الحركة الإسلامية أن تحقق مشاركة فعالة في مقاومة نظام عبود العسكري مما جعلها رقما سياسيا بالنسبة للأحزاب السياسية الكبيرة؛ الأمة القومي والاتحادي الديمقراطي، يصعب تجاوزه. وقد نجحت الحركة بالتعاون مع الأحزاب المعارضة في إسقاط نظام عبود بواسطة انتفاضة شعبية كبرى في 21 أكتوبر 1964م. بعد سقوط النظام العسكري مباشرة بدأت الحركة الإسلامية تعيد ترتيب صفوفها للاستفادة من الزخم الإعلامي والجماهيري الذي تحقق لها نتيجة مشاركتها الواضحة والفاعلة في معارضة وإسقاط النظام العسكري.