ومن منطلق وعي الحركة الإسلامية السودانية الكامل بضرورة تحويل كيانها التنظيمي الضيق (الإخوان المسلمين) إلى حزب سياسي جماهيري فاعل ومؤثر في الحياة السياسية السودانية، قامت بإنشاء (الجبهة القومية الإسلامية) وهو تكتل جديد يضم بجانب الإخوان المسلمين عدد من القيادات القبلية والاجتماعية. والمفاجأة التي أحرزتها الحركة الإسلامية ـــ الجبهة القومية الإسلامية ـــ في انتخابات 1986م كانت أن جاء ترتيبها الثالث من حيث عدد المقاعد التي تحصلت عليها، من بعد الحزبين الكبيرين (الأمة القومي والاتحادي الديمقراطي). ويبدو أن النتيجة التي حصلت عليها الحركة الإسلامية (الجبهة القومية الإسلامية) أهلتها لتكون في موقع منافس وأحيانا موازي للقوتين الطائفيتين التقليديتين. فقد دخلت الحركة المعادلة السياسية للبلاد وصار لها نفوذ يمنحها قوة في تحديد توجهات البلاد ومصيرها المستقبلي، سواء كانت في المعارضة أو شاركت في الحكومة . ولكن هذا النفوذ للحركة لم يكن يرضي الكثير من الأحزاب والقوى الوطنية الداخلية والقوى الأجنبية الخارجية. وقاد هذا الصراع المعلن والخفي أحيانا، بين الإسلاميين والعلمانيين، إلى تشجيع بعض الخلايا المنظمة في الجيش للتفكير في التأثير في اتجاهات السياسة في السودان بحسم الصراع لصالح التيارات التي ينتمون لها. وكانت الحركة الإسلامية الأسبق في الوصول للسلطة من بقية التيارات الأخرى، فخططت لانقلاب 30 يونيو 1989م تحت مسمى (ثورة الإنقاذ الوطني)، بقيادة العميد/ عمر حسن أحمد البشير. وقد استمر حكم الحركة الإسلامية للسودان منذ ذلك التاريخ ـــ منفردا لأكثر من ستة عشر عاما (1989 ـــ 2005) ثم بالاشتراك مع الحركة الشعبية لتحرير السودان من 2005 ـــــ وحتى الآن.